Ústředí Církve
Církev je vedena 15 apoštoly. Služebně nejstarším apoštolem je president Církve, který si vybírá dva apoštoly jako své rádce. Tito tři působí jako První předsednictvo, které tvoří nejvyšší řídící orgán Církve. Dvanáct dalších apoštolů tvoří Kvorum Dvanácti – druhý nejvyšší řídící orgán Církve. Členové Prvního předsednictva a Dvanácti společně dohlížejí na fungování celé Církve. Členové Církve odvozují tuto organizační strukturu z Nového zákona.
Členové Církve považují všechny apoštoly za „zvláštní svědky“ Ježíše Krista pro celý svět. Apoštolové často cestují, promlouvají k členům a zájemcům o Církev na velkých shromážděních a povzbuzují je a setkávají se s místními vedoucími.
Vedoucí, kteří jsou nazýváni sedmdesátníky – což je další úřad pocházející z novozákonní doby – pomáhají Dvanácti apoštolům a slouží na různých místech po celém světě. V současnosti existuje osm kvor Sedmdesáti. Každé kvorum může mít až 70 členů. Někteří sedmdesátníci jsou pověřeni administrativními funkcemi v církevním ústředí, ale většina z nich žije a pracuje v rámci konkrétní geografické oblasti Církve.
Místní kongregace
Vedoucí představitel určité kongregace se nazývá biskup. „Farnost“, kterou spravuje, se nazývá sbor. V oblastech, kde je Církev relativně mladá, se místní kongregace nazývají odbočky a předsedá jim president odbočky. V České republice bylo v roce 2015 13 odboček – 6 v Čechách a 7 na Moravě.
Skupina sborů tvoří kůl a vedoucí kůlu je president kůlu. Výraz „kůl“ se v Novém zákoně nenachází, ale je převzat ze starozákonního přirovnání církve ke „stanu“, který je podpírán kůly. Menší variantou kůlu je okrsek, kterému předsedá president okrsku. V České republice byly v roce 2015 dva okrsky – Praha a Brno.
Vedoucí, s nimiž se členové Církve setkávají nejčastěji, jsou presidenti kůlů a biskupové. Tito vedoucí nedostávají žádný plat a jsou v otázkách místního rozhodování do značné míry nezávislí.
Podstatné množství času a úsilí, kterého je zapotřebí ke správě záležitostí kůlu a k naplňování potřeb členů, věnují a vynakládají samotní členové. Místní vedoucí žádají většinu členů, aby pomáhali v určitých funkcích neboli povoláních. K povinnostem jejich církevního povolání patří místní správa, výuka či poskytování konkrétní služby. V těchto zodpovědnostech se po určité době střídají. Biskupové obvykle slouží asi pět let a presidenti kůlů asi devět let.
Podpůrné organizace
V Církvi působí na místní úrovni pomocné organizace, mezi něž patří Pomocné sdružení, Nedělní škola, Mladí muži, Mladé ženy a Primárky.
Církev také provozuje vzdělávací systém, systém sociální péče a misionářský program.